非常客观地说，结肠镜检查没有痛苦。只有看到结肠镜这么长，以至于它从肛门插入肠道。首先，有一种恐惧感。如果受到刺激，会感到过敏。只有在检查过程中，才会将二氧化碳气体注入肠腔，使肠道扩张，以便更好地观察。有时感觉有点腹胀，医生会在检查前尽可能释放气体。
普通肠镜的腹痛程度主要和内镜医师的操作水平，肠道病变的情况以及被检查者的耐受度有很大的关系。大部分情况下肠镜引起的腹痛症状均是在可以耐受的范围内，但是对于过度紧张、肠道走行迂曲、炎症性病变明显、肠道准备不充分的人群，进行肠道检查时有可能疼痛较为明显。当然如果内镜医师经验尚浅，操作不规范、进镜过快、注水注气过多也可以造成明显的腹痛。有时腹痛剧烈，难以忍受。
肠镜检查是会有疼痛感觉的。与胃镜检查相比，由于结肠肝曲、脾曲等会有生理性的弯曲，因此肠镜检查更加复杂，难度更大，病人的不适反应也就更明显。而且在行肠镜检查的过程中，还需要不断注气，也会加重病人的疼痛、腹胀等症状。
肠镜分有痛性的和无痛性的。有痛性就是普遍的肠镜检查。无痛性的检查项目相对来说费用比较高、而且需要打麻醉，这种肠镜只有轻微的不适感，没有任何疼痛。肠镜的检查时间需要根据熟练程度、病变的程度有无等因素密切相关，如果没有特殊情况都很快的。
肛肠镜检一般不会引起疼痛，但会有下腹部及肛门处胀胀的感觉病人可以耐受。镜检时会在肛门镜外壁涂抹石蜡油起到润滑的作用，方便镜子进入肛门。但如果肛门有病变，如肛裂、肛周脓肿、外痔及内痔炎症感染时，肛门镜检会因肛门镜摩擦病灶而出现疼痛不适。尤其是肛裂病人疼痛剧烈，原则上该类不予肛门镜检。