肛门直肠周围脓肿是引起肛瘘的根本原因。脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管。对于肛瘘的治疗非手术治疗没有效果，只能进行手术肛瘘切除以达到治好。要尽早到正规医院的肛肠科门诊就诊，明确检查并采取正规的手术治疗。
肛瘘的形成多见于肛隐窝炎，肛窦炎，反复的炎症感染刺激出现的肛瘘，一旦确诊肛瘘，治疗方案就是进行手术切除，尽量找到内外口，容易恢复高位的需要进行挂线疗法，注意局部的卫生，避免辛辣刺激的食物。
肛瘘主要是由于肛窦腺体发炎，形成肛门直肠周围脓肿，脓肿破溃发展而来，或肛周脓肿术后引流不畅成为外口，脓肿逐渐缩小，形成感染性管道，肛瘘有1个内口和1个外口，瘘管行走在肛门内外括约肌附近，常迂曲，引流不畅，而外口皮肤生长较快，从形成假性愈合。
肛瘘是因直肠肛管周围脓肿切开或自行破溃后处理不当而形成的后遗症，肛瘘由内口外口及期间的漏管所组成，外口位于肛周皮肤内口，在肛管或直肠下段。肛瘘可以选择药物和手术的方法相结合来进行治疗。
肛瘘多是非特异性感染的，少数为结核性的。要去当地正规专业医院检查病因后治疗。肛瘘是肛门直肠瘘的简称，是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。肛瘘是脓肿后时代，是一个疾病的两个阶段。英文名Analfistula，中医称为肛漏。