肛瘘常见的病因包括腹泻，上火，免疫力低下，比如本身有糖尿病等。最终导致肛门内部肛窦发炎，引起的肛瘘通常是需要手术治疗，或者内痔注射过深或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。
肛瘘的形成，往往是由前期的肛周脓肿，最后破溃形成的肛瘘，而肛周脓肿和肛瘘，肛周脓肿处于初期，急性期，一旦破溃了以后，过两三个月，它就会形成一个瘘管，形成肛瘘了，那么肛周脓肿又怎么形成的，一般都是因为抵抗力的下降，抵抗力下降以后，它就会感染，感染以后形成一个脓包，疖子破溃以后，常会有感染源，产生脓再往外流，这样就形成了一个，肛内和肛门外边，相通的一个管道，而形成了肛瘘。
肛瘘的形成多见于肛隐窝炎，肛窦炎，反复的炎症感染刺激出现的肛瘘，一旦确诊肛瘘，治疗方案就是进行手术切除，尽量找到内外口，容易恢复高位的需要进行挂线疗法，注意局部的卫生，避免辛辣刺激的食物。
肛瘘是常见的肛肠疾病，症状有流脓，肿痛，肿块，瘙痒，全身症状，复杂或迁延日久常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状，继发感染时有不同程度的体温升高等全身症状。
症状多样，主要表现为瘘口反复流脓并伴有疼痛感，一般为脓性分泌物或血性分泌物，脓液积存后肛周肿胀，有疼痛、瘙痒感，按压局部有条索状硬结，病情迁延还会出现全身症状，如溃结性的克隆恩病导致的肛瘘，它会有肠道的表现，如消瘦、腹泻、便秘等。一旦发病，应及时就医诊治，积极治疗，以免病情进一步发展。
肛瘘辩证分型主要分为以下三型：湿热下注型，肛周会经常流脓液，质地稠厚，肛门胀痛，局部灼热，肛周有溃口。正虚邪恋型，肛周流脓液，质地稀，薄肛门隐隐作痛，皮肤暗淡，瘘口时溃时愈，肛周有溃口，按之比较硬，或者有脓液从溃口流出。阴液亏虚型，肛周溃口外口凹陷，瘘道前行局部长没有硬索状物，脓出稀薄，可以伴有潮热，盗汗，心烦，口干，经常是见于结核性肛瘘。