肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口。主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适，病人常不介意。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
可有肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。肛瘘是肛门直肠瘘的简称，是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。肛瘘是脓肿后时代，是一个疾病的两个阶段。
肛瘘是在肛门周围出现一个漏口，而且里面出现有脓的情况，也就是说这段时间疼痛比较严重，而且，内裤上会有出现脓的分泌物，检查一下肛门周围会有出现漏眼的地方，这就是肛瘘的症状，肛瘘多数都是因为痔疮，有肛周脓肿，没有得到及时的治疗，严重引起的。只能通过手术，没有其他的方法。
一般肛瘘主要症状表现有肛周脓肿，有些表现流脓血，瘘口感染时表现出肛门瘙痒，前期一般不疼，当脓液集成于管腔内引流不畅时，局部肿痛，当脓液流出后疼痛马上减轻，由于皮炎，湿疹刺激引发的瘙痒也是肛瘘的一种症状。复杂的肛瘘常有排便困难、贫血、身体消瘦等症状。