胃镜和肠镜不是同一个仪器，胃镜一般直径较细些，大约0.8cm，肠镜直径粗些，一般1.0cm多些。胃镜和肠镜不但粗细不同，而且长度，消毒槽以及活检钳，检查室，包括检查目的和部位均不同。
一般来说，胃镜的检查痛苦相对较重，具体分析如下：
随着医疗技术的发展，现在胃镜和肠镜的检查均可进行无痛操作，也就是在麻醉的状态下对患者进行检查。患者并不会出现明显的不适感。也就不存在肠镜和胃镜哪个更难受的情况。但是如果采用常规的肠镜和胃镜检查，因为没有麻醉和检查方式不同的原因，胃镜的检查痛苦相对较重。
一般的结肠镜的长度是130厘米，外径是1.28厘米。结肠镜检查是目前肠道疾病诊断的主要检查的手段，可以比较直观的对肠腔内病变进行观察，做出内窥镜诊断，也可以直接取病理活检，以明确诊断。
胃镜和肠镜能同时做。
胃镜和肠镜是可以同时做的，清理肠道后要注意不要吃东西，4个小时以后再进行胃肠镜。胃镜检查时患者左侧卧位口咬牙垫，然后用胃镜观察十二指肠和食管的粘膜。结肠镜是通过结肠镜从直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠，一直到回盲区，对所有结肠的粘膜进行检测。检查后患者平时多休息，不要劳累，同时也要保持合理的饮食，不要吃刺激和油腻的食物。
做肠镜检查时管子是从病人的肛门部位伸进去的，在伸入时，出了羞耻以外，病人还会产生明显的便意，会想排便，肚子胀得难受。在管子进入拐弯的点时，还会感觉到肚子痛。做胃镜检查时管子是从病人的嘴里插入的，病人会觉得恶心，想吐，窒息，喘不上气。在做胃镜检查的过程中，病人常常忍不住的流泪，流鼻涕，流口水。