病人侧卧在床上，然后充分暴露肛门部位。在指检之前，用食指戴手套，涂色拉油。在进入肛门之前，会轻柔在肛门口按摩一下，一个是让这个周围有色拉油在肛门口。在病人深呼吸最放松时，食指进入，深入到肛门直肠里面。
肛门指检主要用于检查患者直肠下段，肛门至肠道内距离小于6-7cm的部分疾病。低位的直肠癌、肛管癌、良性肿物、直肠下段息肉、较大的痔核均可通过肛门指检发现。同时对肛瘘内口检查时需采取肛门指检。
肛门检查主要是判断有没有痔疮或者是肛瘘以及肛门脓肿的情况，做检查的时候可能手套上会有少量的大便，这是正常的情况，如果想要做结肠镜之类的是需要通过洗肠，这样再做检查就不会出现大便了，这样做肛检才会更清楚。
肛门指检需要挂肛肠专科。指检时医生戴上手套和润滑油后，将食指插入直肠进行检查。肛指检查也可分为内、外两种。外指检查主要涉及菊花周边，即医生用食指触摸肛门外侧，检查菊花周围是否有肿块和硬结，肛门外皮肤下是否有瘘管的现象。
如果痔疮再次复发，也就是说，如果有肿胀，手指测试会引起轻微疼痛，但不会特别严重。此外，在此期间饮食清淡，辛辣刺激的食物不能食用。这种饮食会加重痔疮的症状。多喝水，多吃新鲜蔬菜、水果和粗纤维食物。
肛门指诊检查属于肛肠科常见的检查方式之一，如果肛门直肠检查发现指套上染血，其症状并不是非常严重。首先需要查看血液的颜色，以及有没有伴随其他分泌物，如果是单纯的鲜红色染血，考虑有可能是内痔或者肛裂出血导致，需要进一步配合肛门镜检查或者进行裂口的查看，并且局部使用痔疮膏进行局部涂抹。如果染血颜色为暗红色或者伴随有脓性分泌物，需要进一步通过电子肠镜检查，才能明确诊断是否存在肠道炎症性疾病或者器质性病变。