肛瘘必须采用手术的方式，才能达到根治的目的，用药只能缓解症状，不能达到根治。这是因为肛瘘是由内口、外口、瘘管组成。如果只处理外口或者瘘管而不处理它的根源内口，则不能达到治愈目的。
手术是肛瘘的唯一治好的办法。手术要注意将肛门括约肌的损伤减至最低程度，以尽量保护肛门括约功能，避免发生肛门失禁的后遗症，这种复杂性肛瘘术后一般大约需1个半月到2个月左右时间才可完全治好。
如果肛瘘诊断已经明确，那么成年人的肛瘘基本上都得通过手术进行彻底的治疗，肛瘘属于人为切开以后所遗留下来的管道，所以无论是肛周脓肿还是肛瘘，都要进行手术，必要时将瘘管周围瘢痕走之，同时切除使伤口至基底向上逐渐痊愈。
肛瘘术后需要手术治疗，没有自愈的可能。手术有损伤肛门括约肌的可能，但是一般不会损伤的，再一个就是做手术处理不好内口，需要再次手术。术后注意肛门卫生，坚持每天肛门坐浴，定期换药。注意饮食，禁食辛辣刺激性食物，多吃水果和蔬菜。
患有肛瘘，药物治疗的效果不是很好，尽量还是手术治疗，可以选择三级以上医院进行手术治疗，术后护理很快就会恢复，通常多喝水，多吃蔬菜水果。少吃辛辣食物，尽量保持大便通畅，防止便秘，不抽烟不喝酒，不熬夜，工作和休息规则。