肛瘘手术根据医院、治疗方法的不同，治疗费用也不相同。肛瘘手术费用一般是在3000-10000块钱左右。传统的肛瘘手术，如肛瘘的切开、肛瘘挂线手术费用在3000元左右；一些新的肛瘘手术，如生物蛋白胶填塞、生物栓填塞等，材料费用较贵，肛瘘手术费用一般在10000元左右。
肛瘘手术费用包括手术、麻醉、术前检查及术后消炎、护理等费用。单纯肛瘘切除手术，费用相对较低，约为4000元-5000元。单纯肛瘘挂线手术约为6000元-7000元。复杂性肛瘘由于手术复杂，故费用较高。部分病人术前需治疗原发疾病，以免影响手术效果，如调节血糖至正常，或先行治疗原发疾病至可行手术，此类病人由于术前准备较多而费用相对较高。
肛瘘是肛周脓毒症的频谱的一部分。它是一种缓慢疾病，也许会呈现从头或急性肛门直肠周围脓肿后。肛瘘致使的各种长时间或间歇性表现，包含疼痛，分泌物。管理的方针是铲除瘘管，避免复发，一起坚持控制。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。