肛瘘的早期症状肛门周围的外瘘口不断地有少量脓性分泌物排出，刺激周围皮肤，会很痒很不舒服，当外口堵塞或假性愈合的时候，瘘管内脓液不能排出而形成脓肿，表现出直肠肛管周同脓肿的症状，这种引流不畅形成的脓肿往往反复发作，是肛瘘临床表现中的特点。
肛瘘的典型症状会有肿痛，肿胀，破溃流脓，指诊可触及到一个条索状的组织通向肛内，一般肛瘘的发生都有脓肿的病史，脓肿破溃之后形成的肛瘘，形成肛瘘的时间也要在两到三个月左右，也有可能是肛裂刺激所导致的皮下瘘，肛瘘的部位以及位置也会导成局部的疼痛或者是狭窄，从而引起便秘的出现。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘的病人在早期会出现肛门脓肿、疼痛、肿硬结、瘙痒多种等症状，脓液会经常刺激瘘口周围的皮肤，导致肛门皮肤出现瘙痒、湿疹等现象。并且还会出现排便困难、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等。到医院进行修补手术，达到治疗的目的。
肛瘘主张手术处理。只要手术时不要损伤到肛门外括约肌的深浅部及内括约肌的齿线上方不会留有肛门失禁的后遗症。肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，为此，肛瘘应抓紧治疗，不要拖延病情。目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等。
肛瘘最早期症状：流脓是肛瘘的主要症状之一，早期的时候会发现在肛门口有一个硬结，用手可以摸到，按压的时候会有少量的脓液流出。脓液流出的越多就表明病情越严重，脓液流出会弄脏内裤。由于肛瘘的瘘管被堵住流通不顺畅就会发生局部的肿胀，引起痛感，偶尔还会伴有全身发热的体征。其他并发症：肛瘘还伴有排便不畅、瘙痒等并发症。