复杂性肛瘘在肛肠科中属于大手术，其手术难度常见原因如下，复杂性肛瘘内、外口较多，且不易找到，往往需借助影像学检查，如盆腔磁共振、腔内B超确定位置，肛门直肠位置狭小，手术器械操作困难，手术耗时长，为保护肛门直肠环境，手术往往需进行两个多小时。
肛瘘一般指瘘管分支数量多或外部开口复杂，在一个内部开口中有多个分支，甚至延伸到盆腔内形成复杂肛瘘的肛瘘。一旦发现，都需要尽快手术切除，因为随着时间的推移，它会导致越来越多的瘘管甚至严重的局部感染。
肛瘘通常是因为肛门发生感染以后向外溃破形成一种管道，肛门直肠周围的软组织感染化脓后向外溃破，或被人为切开后形成的管道，通常称之为肛瘘，这种也叫高位复杂性肛瘘。是肛肠外科的一种疑难病，需要引起高度的重视。
复杂性肛瘘不进行治疗肯定是不行的。首先是导致肛瘘的病因不明，其次是肛瘘情况复杂，找不到原发病灶而处理困难。手术有可能出现一次手术不能恢复现象，大多一次是能治好的，这就是手术的风险。
复杂性肛瘘不严重。必须通过手术来治疗。复杂性的肛瘘就是手术之后还有可能出现再次复发的情况，所以饮食必须特别注意辛辣刺激性的，生活，要有规律排便才会有规律，才能避免便秘。
复杂性肛瘘复发的原因考虑是支管清创不彻底等导致的，肛瘘一般是由三部分组成的，也就是内口、窦道、外口，组成简单的肛瘘，如果外口封闭，形成脓肿，积聚到一定程度就会从肛门其它地方破溃而出，这时候就相当于有一个内口，两个或两个以上的外口，这时候就称为复杂性的肛瘘。