复杂肛瘘不能自愈，手术治疗是治疗复杂肛瘘的较好方法，但在发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状时，可采取药物治疗暂时缓解症状。复杂性肛瘘是指有2个或以上内口或外口，有2条以上瘘管或支管、盲管的肛瘘。复杂性肛瘘在肛瘘治疗中最为棘手，因其发病的原因和形式多样。
这可能是环状痔疮，这与久坐便秘或遗传有关，疼痛可能是局部炎症。可以局部涂抹药膏进行治疗。注意保持当地卫生，避免紧身内裤摩擦，按时洗澡和用药，尽量不吃辛辣和肉类食品，以免便秘后加重病情。多喝蔬菜汤，多吃水果。
高位复杂性肛瘘是肛瘘里最复杂的一种，这种肛瘘内口的位置比较高，瘘道的走形比较弯曲，经常会伴发两个或者两个以上的内口，还有的会形成马蹄状的肛瘘，所以是比较复杂的一种疾病，需要手术治疗。
复杂性肛瘘加内痔采取抗炎药物，凉血止血等药物治疗，同时注意饮食，避免着凉，只能够缓解症状，不能彻底解决问题，容易反复发作。及时到正规公立医院肛肠科就诊，由专科医生根据实际病情采取手术治疗，效果是比较好的。
肛周脓肿手术后恢复，发生高位复杂性肛瘘需要及时去医院进行进一步的检查和针对性的治疗。可以通过手术的方法进行治疗，治疗之后一定要按实际情况要注意保持创面引流的通畅，防止复发。