低位肛瘘属于肛瘘中治疗难度相对较低、愈合相对较快，远期治疗效果相对较佳的一种，大多需要在麻醉下行肛瘘切除术，术后需要遵医嘱定期复诊，伤口换药，使用抗菌药物治疗促进愈合。术后两周左右即可恢复。要注意肛门口卫生，便后及时清洗患处，避免吃辛辣刺激性食物。
低位肛瘘手术恢复需要一个月左右，因为肛门这个位置每天需要有大便排出，而且位置容易感染，所以恢复比较慢。需要有耐心，要保持大便通畅，软而不硬，才有利于术后恢复。平时以流质软食为主。术后养成定时排便的好习惯，比如每天早起饮用一杯温开水，然后去等5-10分钟厕所，这样坚持可以养成定时排便的好习惯。
便便必须通畅，避免干燥，便后清洗，养成规律排便习惯，饮食清淡，多吃新鲜的蔬菜水果，避免口味较辣刺激以及油腻饮食，戒烟戒酒。对于肛瘘的治疗恢复时间需要看肛瘘的复杂程度，定期复查，换药治疗，请专业大夫检查，了解恢复情况。
肛瘘术一周之内夫妻是不应该同房的术后一周内伤口可能还没有恢复好这时进行夫妻生活可能会导致伤口的扩大或是感染等问题另外即使是结扎线头脱落了夫妻生活也会让身体下面局部出现充血、水肿等状态。
低位肛瘘是常见的肛周疾病，主要的治疗是手术治疗的，如果是不及时的治疗可致肛周反复的感染，甚至肿大胀痛及瘢痕化给后期的治疗有一定的困难，手术治疗后是看每个人发病史及病情严重程度及手术技术方式等而定。要一个月-两个月能好。
低位肛瘘，往往是位于肛管直肠环平面以下的那个肛瘘，对肛门括约肌的影响会比较小，相对比较简单。手术以后只要通过规范的换药，保持肛门部的清洁和用药，一般两到三周可以恢复。