痔疮与肛瘘的区别主要表现在临床症状上，痔疮是以便血、脱出、疼痛为主要临床症状，而肛瘘以肛缘肿物反复破溃流脓为主，痔疮一般不会癌变，肛瘘有癌变的可能，虽然几率很低，但确实存在。
肛瘘与痔疮都是肛肠科常见的疾病，二者临床症状有相似之处，但二者有本质区别的。肛瘘是指发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。而痔疮主要是指直肠下段黏膜下和肛管皮肤下的静脉丛淤血、扩张和屈曲所形成的静脉团。
痔疮是肛垫下移和静脉曲张引起的，肛瘘是肛腺感染引起的，肛瘘多由肛周脓肿发展而来。痔疮主要的症状是便血、脱肛、肛门瘙痒和肛门疼痛。肛瘘主要的症状是肛周疼痛和不定期出现脓血性分泌物。痔疮的治疗原则是对症治疗和保守治疗，大部分痔疮都不需要手术治疗。肛瘘的治疗原则是一旦确诊就需要手术治疗。
肛瘘由肛周脓肿引起，临床表现为局部红肿、疼痛、破溃、流脓，反复发作；痔疮由肛门周围肿物脱出引起，临床表现为肛垫病理性增生肥大，引起脱出、出血以及肛门的坠胀、瘙痒等不适。
肛瘘和痔疮是两种完全不同的疾病。肛瘘是感染后形成的窦道，表现为肛周肿物反复破溃流脓，迁延不愈，是肛窦感染所致。由内口，外口，漏管组成。而痔疮不是感染导致的，和饮食生活习惯密切相关。临床表现为大便带血，色鲜红，肛缘肿物疼痛，便时肛内肿物脱出。