患有肛瘘，药物治疗的效果不是很好，尽量还是手术治疗，可以选择三级以上医院进行手术治疗，术后护理很快就会恢复，通常多喝水，多吃蔬菜水果。少吃辛辣食物，尽量保持大便通畅，防止便秘，不抽烟不喝酒，不熬夜，工作和休息规则。
得了肛瘘，必须进行手术治疗，由于是肛门的解剖结构发生改变，口服或外用药物治疗，不能够改变解剖结构，所以必须得手术切除瘘管，开放伤口，让手术的伤口自己慢慢的长好。有复杂肛瘘，或者是经过肛门括约肌的肛瘘，还需要做挂线手术。术后需要用无菌纱布填塞，起到压迫止血的效果。术后需要坚持换药治疗，根据创面的大小换药的时间不一定，一般选择肛门洗剂、膏纱条等药物进行换药处理，术后还需要药物进行消炎治疗。
肛瘘是比较常见的一种疾病，根据病情的轻重，可以采取药物治疗或者手术治疗的方式，肛瘘主要是由于肛周脓肿自行破溃或手术切开引流后造成的。如果是在急性期流脓，可以先进行药物治疗，再进行手术。
肛瘘是必须要做手术医治的，这是唯一一种可以治愈肛瘘的办法，平时使用的药物，只是可以起到缓解和控制的作用，不可能治愈的。注意肛门口的清洁卫生，便后温水清洗肛门口。
手术是肛瘘的唯一治好的办法。手术要注意将肛门括约肌的损伤减至最低程度，以尽量保护肛门括约功能，避免发生肛门失禁的后遗症，这种复杂性肛瘘术后一般大约需1个半月到2个月左右时间才可完全治好。