肛瘘常见的症状主要是肿痛，脓液积聚在管腔，引流不畅时会出现局部红肿，疼痛，脓液流出以后疼痛会逐渐的减轻，还会流脓，往往是周期性的发作，大多是在饮酒后，肛门瘙痒，由于反复的流脓会刺激肛周的皮肤，引起肛门瘙痒或者肛周湿疹。
小儿肛瘘的症状包括。出现哭闹不安，排便时出现疼痛，不敢排便，久而久之导致便秘。肛门周围分泌一些物体，长期潮湿易导致瘙痒。长期肛瘘导致睡眠不好，精神差。肛管周围形成肿块，导致坐立不安。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
肛门口周围流脓周期性发作，时有时无，脓液较少。肛门口周围肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肛门口周围有肿块，大部分可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。