肛周脓肿治疗手术是对外面的被感染的疏松组织间隙里面的脓液排出、引流，清理里面的坏死组织，然后对内口部分进行切开。当组织完全愈合后，肛周脓肿的治疗就完成。避免了肛瘘的形成。
肛周脓肿自行溃破或人为切开以后，就形成了肛瘘，主要的治疗方式还是需要进行治疗，处理原发的感染内口。内口处理好了，一般不会再复发。所以一般不会存在内口已长好，而外口一直不愈合的情况。
肛周脓肿因为是肛门局部手术，如果是低位或创伤较小，仅做切开引流术，手术当天就可以坐立。术后早期可适当少坐，逐渐过渡。有些病人坐久局部疼痛会比较明显，不主张早期多坐，但一般术后4-5天以后，正常坐应该没有问题。对于挂线手术以后，结扎线脱落后再坐会更好一些。
一个星期。但是由于病情复杂，容易出现反复发作，怀孕后，肛周脓肿几率可能会增加，是由于平时缺乏锻炼，或者不合理的饮食盆腔静脉压迫等造成的。平时应该积极预防肛周疾病的发生，多补充粗粮粗纤维食物，温水坐浴肛门，多锻炼身体，减少发作。
单纯的、小的肛周脓肿手术，创面小、恢复快，住院7-10天即可出院，总费用在12000元左右；对于复发或创面较大的，术后需要挂线，包括紧线或松线治疗，部分感染较重，还须延长抗生素的使用、延长冲洗时间，此类的费用能达到2万元以上；某些重症创面换药要求严格，需使用减少创面感染的敷料，其费用更高。因此肛周出现疼痛或不适，须及时就诊。
肛周脓肿术后注意事项比较重要，首先在手术后2-3天内可以吃一些流质食物，如牛奶、果汁、汤，之后进食一些无渣或者少渣的食物，尽量减少排便对肛周脓肿伤口的刺激，同时在排便的时候应该观察排便出来的大便性状，有无带血，大便是否变细等情况。排便后需要立即更换敷料，并用温水或者用一些药物坐浴防止感染，防止创面的感染。同时要密切观察出血情况的发生，要注意尽量避免咳嗽或者用力打喷嚏。