如果患有肛瘘，就需要进行手术治疗，如果不做手术，肛瘘会反复发作，容易影响肛门括约肌，导致括约肌纤维化，影响肛门功能，而且据临床报道，肛瘘有一定的几率会发生癌变。
不做手术，肛瘘可能会有流脓和渗液的现象，可能会发生反复的感染或者出现疼痛等局部症状。
如果有肛瘘，但是不做手术的话，这种情况因为局部炎症的反复有可能会导致肛周脓肿或者是有大便失禁的可能性，肛瘘不做手术由于其炎症长期刺激肛周，有可能会由普通的低位单纯性肛瘘而变成复杂的高位肛瘘，同时，部分肛瘘的患者由于其长期不治而有可能会出现癌变的可能。
建议到正规医院的肛肠科进行检查，及早在医生的指导下治疗，万不可拖延病情。平时注意不要吃辛辣刺激性的食物，会加重病情。
肛瘘不能自我愈合，必须手术的方式治疗。时间长了容易癌变，没有癌变者，增加肉体和精神上的痛苦，尤其是局部皮肤瘙痒。体质下降，抗病能力下降。经常流脓血会导致贫血，患者会感到很虚弱，没力气，精神萎靡等。
肛瘘不能自我愈合，必须手术的方式治疗。时间长了容易癌变，没有癌变者，增加肉体和精神上的痛苦，尤其是局部皮肤瘙痒。体质下降，抗病能力下降。经常流脓血会导致贫血，患者会感到很虚弱，没力气，精神萎靡等。
肛瘘一般药物的治疗效果不是很好，可以手术治疗，可以去三甲以上的医院根据肛瘘的类型选择手术的方法。手术后可以口服消炎药物治疗。每天用生理盐水清洗肛门，外涂点大环内酯类消炎药膏治疗。
可以治疗包括热水坐浴、通便、理疗，局部有急性炎症可用抗生素。该疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能治好。及时手术治疗，治疗效果好，没有什么后遗症。