由于反复发作，脓液可穿透管壁，沿括约肌间隙扩散，形成多发复杂的肛瘘，不仅给治疗带来困难，而且影响肛门的正常生理功能。任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。
肛瘘不治疗会导致肛瘘经久不能恢复，也就是外口会假性愈合等身体抵抗力下降、过度劳累或者进食辛辣、刺激的食物以后，外口可以自行破溃、流脓、渗液，并且伴有臭味等。如果肛瘘不治疗是很难自行恢复的。
肛瘘不治有可能会出现疼痛、破溃、流脓等现象。引起肛门潮湿、瘙痒等症状，严重的有可能会引起肛门发炎，导致大便失禁，也会引起肛门狭窄，影响到正常的生活，肛瘘大多是因为上火大便干燥引起的，平时可以多吃一些富含膳食纤维的食物，肛瘘严重者可以在医生的指导下使用抗生素药物来治疗，严重者可能需要通过手术治疗，平时要少吃辛辣刺激食物。
确诊肛瘘是需要进行手术治疗的，如果有肛瘘，不手术治疗容易造成肛周脓肿，肛周脓肿可以引起严重的疼痛或者是并发症的出现，一定要早期的进行检查和治疗，注意好休息避免过度的疲劳并且尽量的避免上火温水坐浴同时也可以适当通过手术方法治疗。
肛瘘不治疗是不会自愈的，若一直拖延不治疗，还可诱发肛门湿疹、肛门瘙痒、贫血、肛门肿痛等病症，有了肛瘘还是要尽早治疗，久拖不治还可导致久拖不治还会出现贫血、排便困难等病症。