肛瘘的检查比较复杂，诊断比较困难，首先要找到肛瘘的发生的部位，肛门的部位以点来计算，即把肛门看成一个时钟。肛瘘发生的部位，有开口的肛瘘，可以看到在肛门的几点钟发现外口，然后要摸清肛瘘的走向，在肛周可以摸到一个条索状的肿块。
肛肠疾病常规检查，肉眼检查：可见肛周皮肤有一个或多个瘘口，外口可有外突的肉芽组织，浅表肛瘘在内外口之间可摸到条索状物，挤压有脓性物排出；探针检查：由皮肤瘘口伸入探针，可与肛诊的手指接触，确定内口的位置；染色检查：经瘘口注入美蓝，预置于肛门内的纱布染蓝，以确定内口的位置；瘘口碘油选影：了解瘘管的走向与范围。
肛瘘为肛门及直肠周围处瘘管的形成。典型的肛瘘有内口，外口及瘘道组成。对于肛瘘的检查，可以进行肛门指诊，肛门镜检等，也可以采取彩超，CT，核磁共振等检查，特别是对深部的肛瘘，当然还可以经过外口进行探针检查，寻找内口。
结肠x线检查。结肠x线检查，有腹部透视、腹部平片、口服钡剂和钡灌肠等方法，而以后者最为严重。腹部透视和拍平片，只能发现肠扭转、巨结肠、肠套叠等梗阻征象以及场外压迫使肠管受到推挤的表现，对于检查肠腔内的疾病并无益处。
肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。