手术后早期，由于局部有炎症，分泌物会增多。而且需要每天换药，预防假性愈合发生。一般待到肉芽生长期即手术后半月左右，伤口分泌物会明显减少，肉芽组织填充，创面逐渐愈合。
肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。
对此需要坚持换药处理，只要无菌纱布湿透了，就需要去换药。通常换药是在排便后坐浴5-10分钟，起到去腐生肌止血的效果，促进伤口尽快愈合。随着新鲜肉芽组织的生长，手术创面会逐渐的愈合，分泌物也会越来越少，直到消失。
得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。