肛瘘术后需要手术治疗，没有自愈的可能。手术有损伤肛门括约肌的可能，但是一般不会损伤的，再一个就是做手术处理不好内口，需要再次手术。术后注意肛门卫生，坚持每天肛门坐浴，定期换药。注意饮食，禁食辛辣刺激性食物，多吃水果和蔬菜。
肛瘘必须采用手术的方式，才能达到根治的目的，用药只能缓解症状，不能达到根治。这是因为肛瘘是由内口、外口、瘘管组成。如果只处理外口或者瘘管而不处理它的根源内口，则不能达到治愈目的。
肛瘘是比较常见的一种疾病，根据病情的轻重，可以采取药物治疗或者手术治疗的方式，肛瘘主要是由于肛周脓肿自行破溃或手术切开引流后造成的。如果是在急性期流脓，可以先进行药物治疗，再进行手术。
手术是肛瘘的唯一治好的办法。手术要注意将肛门括约肌的损伤减至最低程度，以尽量保护肛门括约功能，避免发生肛门失禁的后遗症，这种复杂性肛瘘术后一般大约需1个半月到2个月左右时间才可完全治好。
患有肛门脓肿的一般都可以用多普勒超声检查是否有肛瘘，它是可见的，到三级以上的正规医院做肛肠检查，可以做肛门指检查和肛门内窥镜检查，也可以进行局部彩色多普勒超声和CT检查，找出症状的原因治疗，必要时手术治疗。