肛门部位和功能比较特殊，它属于粪便排出的门户，细菌等污染物比较多，所以肛门部手术，无论是肛瘘还是痔疮等，不管创面多大，都是不能进行缝合的，否则有粪便寄存或者细菌留存，而导致伤口感染。因此，肛瘘手术也不会进行缝合。当然，患者肛瘘术后需要进行高锰酸钾水或者淡盐水、中药坐浴，以消肿止痛，促进伤口愈合，并进行肛门切口换药治疗。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
是很难治愈的，当出现肛瘘的时候，可以局部应用一些药物缓解症状，但是最主要的是进行手术治疗。例如可以局部用一些消肿止痛的药膏，当感染的时候，也可以应用抗生素治疗。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘不能自己康复，肛瘘是肛周脓肿破溃以后形成的疾病，主要构成是内口，外口和瘘管，其中瘘管是一个坚硬的结缔组织管道，是不会自己康复的。只能通过手术将瘘管切除，内口敞开才能康复。