二者的作用机理并不一样，所以并不能做一个横向的比较。前者主要作用是塞入直肠内融化以后会形成一个保护膜，分布在直肠黏膜的表面或者痔核的表面，起到一个保护的作用，也有修复的作用。后者是凉血止血、消肿止痛的作用。
这两种药物的效果相似，临床上常用。它们含有五倍子、冰片、盐酸小檗碱等成分。它们通常用于肚脐。其主要功能是凉血止泻、清热解毒、敛疮消肿、止痛。常用于便血、内痔、外痔、混合痔等引起的肿痛。
肛泰软膏和马应龙痔疮膏药效作用要根据需要治疗的肛门疾病来判断。肛泰软膏对于内痔，外痔，混合痔等均出现的便血，肿胀，疼痛作用好。马应龙痔疮膏对于湿热淤阻所致的痔疮，肛裂导致的大便出血，疼痛，肛门下坠以及肛周湿疹作用好。
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云南白药痔疮膏内含云南白药成分，主要是对内痔出血有一定的治疗效果。如果患者大便时团块脱出，同时有大便后便血的情况，出血呈喷射状，考虑内痔出血引起，使用云南白药痔疮膏或痔疮栓剂可以取得较好的止血效果。马应龙痔疮膏对混合痔具有一定的疗效，局部肛门周围涂抹，可以消除外痔水肿，从而达到治疗效果，但是对混合痔引起的出血治疗效果稍差。