如果长期使用持续正压通气治疗，可导致咽干，鼻干，鼻出血等不良反应。长期使用如果消毒不严格，会引起感染、引起脸部鼻部肌肉压迫，甚至引起溃疡等。也可能会产生呼吸机依赖以及呼吸机幽闭症。
长期使用呼吸机可能导致呼吸机相关性肺炎。长期使用呼吸机危害具体有：
1、有创呼吸器：通常用于医院的病人急救。长期服用会导致呼吸机相关性肺炎、呼吸机依赖、脱机困难。
2、无创通气：无创呼吸机通常是在家里使用。长期使用会导致面部和鼻部的肌肉受到感染，严重的还会导致口腔溃疡等。还有就是对呼吸机的依赖性，还有就是呼吸器的幽闭。
长期使用呼吸机会导致呼吸肌肉、膈肌、腹肌、胸肌等肌肉的乏力，导致自主呼吸逐渐丧失，对呼吸机产生依赖无法脱机。
通过气管插管进行机械通气，时间过久容易继发肺部的感染，常见的病原体就是绿脓杆菌，容易发生严重的肺部弥漫性感染，甚至会引起呼吸衰竭。长期使用呼吸机，卧床不起很容易导致血流缓慢，发生血栓形成导致肺栓塞。
呼吸机用于各种原因所致的呼吸衰竭、大手术期间的呼吸支持治疗和急救复苏等。一般好转后即停止使用呼吸机。另应注意每次使用严格消毒，避免引起感染、面部和鼻部肌肉受压，甚至溃疡,从而引起其他疾病的发生。
呼吸机费用上与患者的使用时间有关，一天费用在300元左右。
上呼吸机本身不贵，因为一小时也就是12元到13元钱。除了呼吸机的费用之外，还伴随着其它的费用，比如监护费、护理费、药费、床位费，平均一天下来要花费4000元左右，上呼吸机头几天花费非常多，如果病情好转，费用会逐渐减少，病情没有好转，费用还会逐渐增加。
呼吸机对慢阻肺很好，每个慢阻肺患者都需要用到呼吸机，慢阻肺患者的气流受限明显，患者吸进去的空气呼不出来，造成大压，大量的二氧化碳在体内潴留，容易引起呼吸衰竭，导致高碳酸血症。