主要是机器方面的因素，磁场强度高低收费也有高低，3.0t的最贵，在700元左右，1.5t的在550元左右，1.5t以下的在350元左右。其次和检查部位的多少有关，一个部位算一次收费，两个部位就两次，特殊检查收费也更贵。
胎儿的磁共振费用一般在几百到上千元不等，要根据每个医院的级别，以及当地的物价部门的规定判断。
随着医疗技术的发展，很多新技术都应用于产科胎儿的异常诊断中，磁共振是这几年开始兴起的一种新型检查仪器。主要通过B超判断胎儿结构如胎儿的颅脑结构有异常、侧脑室增宽或者颅后窝增宽，其费用在级别较低的医院可能几百元，级别比较高的医院可能在一千块钱左右。
胸部核磁共振检查的费用并不高，一般也就50元-500元之间。但是各医院的收费标准不同，价格有点区别。做核磁共振检查的时候可能还需要配合血尿常规检查，因此在早上空腹去检查。
腰椎核磁共振需要1000-10005百元左右。行腰椎的核磁共振检查看看如果腰椎间盘压迫的比较轻可以保守治疗，佩戴腰围外固定，热敷理疗，腰椎牵引治疗，如果压迫比较重就可以手术治疗了。
胎儿做核磁共振大约700元，做核磁共振对胎儿一般不会有影响的，孕期的前三个月不要过多的做不必要的检查，定期的孕期保健检查除外，注意休息，饮食清淡，均衡营养，作息规律。
大约2000左右，在一般的三甲综合医院，脑组织的磁共振增强费用包括行磁共振扫描的费用，增强用药的费用以及高压注射器等注射用材料的费用等几部分，脑部的增强脑灌注检查可能也是需要2000多块钱。