营养不良的危害很多，会出现营养性的贫血，还有微量营养素的缺乏，感染，由于免疫功能低下，会比较容易患各种感染，比如反复呼吸道感染、鹅口疮、肺炎、结核病、中耳炎、尿路感染等。所以营养不良的危害是非常大的，会造成很多的疾病，严重的情况下，还会出现死亡现象。
怀孕初期如果出现营养不良，会对胎儿造成一定的影响。会对儿童的神经系统造成严重的损害，也有可能会出现先天性的神经系统缺陷，或者是智力下降，造成视力下降，这些宝宝的身体素质比较弱，语言能力比较弱，说话也比较迟。
在怀孕早期应该注意适量的增强营养，多吃新鲜的水果、蔬菜，多吃蛋白质含量丰富的食物，比如牛奶、瘦肉、蛋黄。
进行性肌营养不良是一组遗传性骨骼肌退行性变性疾病，表现为肌肉进行性变性，萎缩和肌无力。遗传方式，受累肌群，有无假性肥大可分为假性肥大型，面一肩一肱型，肢带型及单纯性遗传性萎缩型。
营养不良亦为矮小症之诱因。
矮小症顾名思义就是身材比较矮小，一般是儿童的身高低于同性别同年龄同种族的孩子两个标准差以下或者第三百分位以下。如患儿出现喂养困难，偏食等情况，消化和吸收功能障碍均可导致营养不良，应检查维生素D和微量元素，在适时补充时，还要注意确保营养饮食科学均衡，提高身高的一个重要因素。
幼儿营养不良的初期表现为体重不增加，还可能会出现体重减轻，皮下脂肪减少，身体逐渐变得消瘦，如果长期患病后，还会表现为皮肤干燥、脸色苍白、易怒、肌肉松弛、身高比正常水平低。严重者可表现为精神萎靡、易怒、肌张力下降、肌肉松弛、肤色惨淡、皮肤干燥、头发暗淡。有的幼儿还会出现食欲下降、便秘、血清蛋白下降等症状。
孕期营养不良会对胎儿的神经系统造成严重的影响。
有些患儿会出现先天神经系统的缺陷，严重的影响了儿童的智能，从而造成儿童的智力下降，这些婴儿的身体素质比较弱，语言能力比较弱，说话也比较迟。在怀孕初期，营养不良是不能马虎的，甚至会造成畸形或者儿童发育缓慢，甚至会造成死胎，因此孕妇要注意补充营养，防止营养不良。