臭豆腐在发酵过程中极易被微生物污染，同时含有大量挥发性盐基氮及硫化氢等，这些都是蛋白质分解的腐败物质，臭味物质可能是蛋白质的腐败而成，所以说有致癌性是可能的。多食对人体有害。
孕妇可以适当的食用臭豆腐，但是不能长期大量食用，否则会对孕妇和胎儿的健康产生不良的影响。
臭豆腐是一种油炸食物，在烹饪的时候可能会不卫生，孕妇食用后会导致肠胃炎、腹痛、腹泻等症状，甚至还会影响到胎儿的发育。
此外，在烹饪的时候，还会产生大量的有害物质，其中还会加入各种添加剂和调味料，这些都会对孕妇的身体和胎儿的发育造成不良的影响。
臭豆腐吃多有危害的。臭豆腐中含有丰富的蛋白质，如果食用过多，会使蛋白质在腹部积聚，引起消化不良，出现腹胀、腹泻现象。臭豆腐中含有一定量的皂角苷，可以促进人体对碘的排泄，容易引发碘缺失。
吃臭豆腐的可能会致癌。
臭豆腐按照工艺可以分为发酵和非发酵两种，市场上卖的青方腐乳便属于发酵臭豆腐。各种装载与制作以及相应配套的器皿并没有经常自觉更换或者进行定期清洁使得臭豆腐发臭的原因很有可能是蛋白质腐烂之后的产物，这种腐败的物质就是亚硝胺，这种物质的致癌性也是很强的，也就是说，如果人体食用了过多腐败的蛋白质，也是有可能会致癌的。
建议：平时尽量少吃腌制食品，防止大量挥发性盐基氮影响健康。平时可以多新鲜、当季的吃瓜果蔬菜，注意营养均衡。
减肥期间是不可以吃臭豆腐的，豆腐含有的蛋白质多，脂肪比较低，还有能改善易胖体质的成分，简单吃些豆腐可以加强体质，也有饱腹感，这样对减肥有帮助，但是臭豆腐是不能吃的，臭豆腐是油炸的食物，属于经过加工后的食物，组成成分也发生了改变，多是经过高温油炸后制成，热量是很多的，吃了不仅不能减肥，还可能会导致肥胖，所以减肥期间不要吃臭豆腐。