肝内胆管结石的治疗根据病情的轻重程度及治疗是不一样的。如果经过CT或磁共振评估，肝内胆管结石很少，或者根本没有引起胆道扩张，狭窄畸形，肝脏也无改变，也没有临床症状，那么这种结石可以不用特殊治疗，只需要平时注意避免劳累受凉，少吃油腻食物，必要时可以服用利胆药物即可。而对于有经常发作胆管炎或导致胆管狭窄畸形，或是引起肝脏萎缩，癌变等等情况等，需要进一步手术治疗。
肝内胆管结石和肾结石都是临床上比较常见的疾病，这些都是良性病变，导致这种疾病的原因与个人的体质有关系。严重者也可以通过外科手术来治疗。日常生活中避免吃太油腻的食物，多饮水，勤排尿。肾结石病因：肾结石的原因包括由于细菌的感染，可使结石胆红素水解为游离胆红素，游离胆红素颗粒，以脱落细胞，寄生虫卵等为核心，在胆汁中粘蛋白的帮助下，不断沉积，形成结石。
肝内胆管结石是胆管结石的一种类型，是指左右肝管汇合部以上各分枝胆管内的结石。没有症状不用治疗，如果有则手术治疗，最常用的方式是无创保肝取石术.手术时显露二，三级肝内胆管，取清结石，解除胆管狭窄，作扩大的吻合口.吻合口尽量向左或右肝延伸.注意多喝水，忌食油腻食物。
可以采取手术治疗。手术风险不大，请到当地大型公立三级肝胆外科医院，并按照医生的建议进行对症治疗。如果结石的大小相对较小并且没有明显的临床症状，应首先采取保守治疗并定期复查。根据待检结石的大小和大小，结合临床症状，如果结石的大小相对较大且有明显的临床症状，一般不建议保守治疗，以免加重病情。
出现胆管结石和胆结石的症状，主要就是先用一些排石的药物进行调理，然后采取以手术为主的综合治疗方法，目的是尽量取净结石，解除胆道梗阻和狭窄，消除肝内感染性的病灶，从而使胆汁的排出畅通。
一般可以通过手术的方法进行治疗，手术就是要把局部的肝叶或者是肝段切除。在日常生活中饮食方面清淡一些，少吃油腻，含脂肪高的食物，要多补充新鲜蔬菜，多参加户外活动。