甲状腺射频消融的弊端主要是高温加热时可能会造成喉返神经损伤，术后出现声音嘶哑。若引起甲状旁腺损伤或造成甲状旁腺血供受损，可造成术后低钙性抽搐。若甲状腺结节属于恶性肿瘤，消融手术并不能够清扫周边的淋巴结，有可能造成肿瘤细胞的残留。
甲状腺的射频消融术，通常是在局部麻醉下，进行手术操作，最好有超声进行引导。创伤比较小，对邻近的正常组织损伤，可以忽略，主要是适合于甲状腺良性结节，超声会表现为，边缘规则的低密度病变，或者是单纯的甲状腺腺瘤。
甲状腺射频消融术是近年来国内外开展的一种甲状腺结节或肿瘤治疗新方法。
该手术采用超声引导将消融电极经皮准确穿刺进病灶内，用频率200-1200kHz高频交流使得周围组织内极性分子和离子振动、摩擦，转化为热能，最终产生的热量随着传导距离的延长，温度会迅速下降，其破坏范围只在几毫米以内，最终坏死组织被机体吸收，达到微创局部灭活病灶的目的，达到与传统手术相同的效果。
用射频消融术治疗是比较好的。
对于多发性甲状腺结节病，使用该疗法可促进疾病快速缓解，对身体无负面影响。射频消融手术主要发热烧灼甲状腺结节，可使结节逐渐萎缩、消退，防止生长速度恶化，达到良好的基础效果，手术创伤性相对较小，有利于身体快速恢复健康，出现在局部射频消融微创治疗手术，对身体损伤较小，可在短时间内迅速恢复健康。甲状腺射频消融时，尽量选择三级以上医院接受治疗。术前进行身体检查，术后进行复查，需要重视护理和维护。
根据研究，目前射频消融治疗甲状腺的有效性还缺乏足够的证据，一般临床上不推荐甲状腺射频消融治疗微甲状腺癌。
随着医疗技术水平的提高，严格循证理论医学指导，若对患者充分了解，可对患者进行微癌试验治疗，治疗范围应完全包裹微小癌。治疗后应遵照医嘱定期来医院复查，观察有无肿瘤复发、远淋巴结转移。无其他并发症可尝试甲状腺射频消融治疗。
射频消融是有机会治疗甲状腺，要及时进行治疗并观察恢复情况。平时，还应注意术后护理、良好的休息和饮食。液体食品也应该选择调理，低脂肪和低盐。同时，应注意定期复查，以确定具体恢复情况，这对健康有益。