碘伏和高锰酸钾都有杀菌的功效，但两者并不相同。碘伏是消毒剂，它是一种结合物，刺激性小，安全性高，擦拭在伤口处几乎无痛感。高锰酸钾是一种无机化合物，也是一种强氧化剂，也叫锰酸钾，有很强的氧化性，对皮肤有较强的刺激性和腐蚀性。
一般来说，碘伏和高锰酸钾因为其主要成份和作用都不一样，没有太大的区别。
碘伏的主要成份是活性碘，它是一种杀菌、杀菌的药剂，不刺激皮肤和粘膜，可以对皮肤、伤口、会阴处进行杀菌，因此它的应用范围很广，对病菌、霉菌、孢子等都有很好的杀菌效果。而高锰酸钾是一种很强的氧化剂，主要用于会阴、肛门等部位的消毒。
通常来讲，高锰酸钾和碘伏相比较，碘伏会比较好。
如果高锰酸钾和碘伏做选择，那么碘伏的效果就会更好。因为碘伏是一种外科常用的消毒剂，具有很好的杀菌和消毒的作用，并且对伤口的局部刺激也是最小的，是一种比较温和的消毒剂。痔疮术后常用的是高锰酸钾溶液，平时可以用高锰酸钾溶液来清洗肛门，促进痔疮术后的愈合。因此，碘伏消毒水的作用更大。
如果是出现了妇科疾病的话，那么一般建议人们还是使用碘伏比较好。
在临床医学上，我们通常所说的碘伏这种药物，由于它的刺激性比高锰酸钾小，而且具有比较好的广谱杀菌效果，因此建议女性在出现妇科疾病时，通过使用碘伏清洗阴道口可以达到比较好的杀菌效果。
虽然碘伏和高锰酸钾溶液在使用过程中都会对人体产生一定的疼痛现象，但是一般来说，碘伏药物所产生的疼痛和刺激性较小，更容易被人们所接纳。
高锰酸钾并不是碘伏。
高锰酸钾和碘伏不一样，虽然两者都有杀菌消炎的作用，但本质上还是有区别的。高锰酸钾属于强氧化剂，需要在稀释后使用，主要用于坐浴或局部粘膜消毒。而碘伏属于消毒剂，没有强的刺激性，擦拭伤口时不会有明显的刺痛感，而且会形成一层保护膜，不仅有消毒作用，还有保护创面的作用，临床上可用于外伤消毒，输液时的皮肤消毒。
碘伏和碘酊都是外科常用的消毒液。
碘伏的成分里不含有酒精，它的刺激性比较小，没有局部的腐蚀性，也不会出现皮肤的疼痛，因而在临床中经常用于皮肤消毒，尤其是破损和感染皮肤的消毒，还有黏膜的消毒，也有的稀释后用于口腔或阴道的消毒。所以皮肤用碘酊消毒之后，必须用酒精及时脱碘，否则会灼伤皮肤，导致皮肤溃烂的情况。