南瓜子的功效主要是补中益气，消炎止痛，降糖止咳，解毒杀虫。南瓜子中富含丰富的维生素和果胶，具有很好的吸附作用，可以有效的清除体内的细菌、毒素及其他有害物质，能起到一定的解毒作用。
南瓜子具有益气消炎，止痛解毒，杀虫，降血糖，解除干渴的功效，可用来治疗脾胃虚弱，糖尿病，蛔虫等疾病。南瓜子中富含丰富的维生素和果胶，具有很好的吸附作用，可以有效的清除体内的细菌、毒素及其他有害物质，能起到一定的解毒作用。
南瓜子也是有效的驱绦虫剂，且没有毒性和任何副作用，适宜老人，儿童绦虫病和腹痛胀满等症，对蛲虫病，绦虫病，钩虫病等患者均有明显的效果，南瓜子吃多了之后，会有恶心的感觉，那是因为南瓜子太油腻了，肝吃不消。所以患有慢性肝炎、脂肪肝的患者来说，不宜食用南瓜子。
功效与作用，解铅汞之毒，促进消化，预防和治疗糖尿病，预防癌症，促进生长发育，治疗牙病，缓解衰老，增强记忆力。禁忌，不宜吃太多，容易导致肥胖、上火。腐烂、发霉了的南瓜子不要吃，也不要炒着。吃南瓜子不要生吃，要炒熟了之后再吃。
南瓜子能促进人体发育，但如果吃的过多，容易造成胃肠道不适，引起血脂升高，出血等一系列不良反应。
南瓜子中含有锌，可以促进智力发育，是儿童发育不可缺少的微量元素，能避免孩子因为缺锌出现发育迟缓、异食癖等症状。但因南瓜子的脂肪含量较高，热量易超标，胃肠不好和容易胀气的人食用过多会引起消化不良、腹部闷胀等。还会增加热量和脂肪摄入，不利于血糖和血脂的控制，尤其是本身就有高血压或者糖尿病的患者，会加重病情。
建议在食用南瓜籽时最好选择未剥壳的原味南瓜子，因为外壳可以保护瓜子仁不受外界污染，减缓脂肪氧化，延长保质期。
熟南瓜子可以杀虫止痒、利水渗湿、消肿止痛、通经下乳，对于寄生虫性疾病有很好的改善作用，而且可以加速身体内水分的代谢，能够改善四肢肿胀的现象，而从营养学的角度来讲，南瓜子中的纤维素、维生素、钙离子的含量都比较丰富。