CT比核磁共振准确，不是核磁共振就比CT好，需要结合具体的疾病以及检查的部位。如果是发病的急性期，怀疑颅脑出血、蛛网膜下腔出血，CT是首选的检查。头部的核磁共振在检查脑梗死上，较头颅CT而言更加精确。
CT和磁共振在不同的检查部位各有自己的优势。在中枢神经系统方面，核磁共振的诊断价值总体来说优于CT。在头颈部检查中，副鼻窦、乳突CT优于核磁共振，口咽、鼻咽、喉咽检查中，核磁共振优于CT。在胸部、纵膈检查中，CT明显优于磁共振。
核磁共振和ct，ct辐射大。磁共振是人体细胞内的氢原子核在强大的磁场空间内，产生共振运动，经过一系列重建技术转换成磁共振图像用于临床诊断，所以磁共振是没有电离辐射的。而CT却是利用X线成像原理形成图像的，所以CT是有X线电离辐射的。
ct对人体的辐射，自然是最大的。ct是利用X光X线进行CT检查，然后通过电脑进行综合比较，得到的结果。一般的ct检查，相当于几次或几十次的x光照射，因此，如无特别需要，不宜频繁的ct。而核磁共振仪则是将人体内的电磁波信号收集起来，然后用影像来显示。目前还没有相关的医学记录来证明电磁对人体的伤害。
增强CT和增强磁共振，准确率差不多。虽然成像原理有点不一致，但是都是通过血管增强，使病变显得更清楚。CT检查有辐射损伤，还是选用磁共振强化检查。通过增强检查，可以确定病变的性质。
核磁共振。这两种检查的基本原则是不同的。电脑控制下的x光扫描人体的身体层。增强扫描是一种造影剂的注射，主要检查肝内血管和占位性病变。核磁共振是一种通过收集磁共振现象产生的信号来重建图像的成像技术。肝脏检查和腹部平增强扫描可以，磁共振成像对判断肝脏肿瘤也很有帮助。