腱鞘囊肿多数病例不导致明显症状，因此，没有必要进行特别处理，但必须主动重视休息，忌重复推拿按摩局部。
一旦出现了较大的积液就应该及时就医检查。若更小，很可能自己就没了。一旦出现了巨大型的或者较大型的腱鞘瘤，则很容易导致患者发生严重的疼痛等一系列的不适，因此必须及时的去医院就诊，明确诊断后才能对症治疗。如囊肿较大，多数时候，失踪的概率较低，需主动操作。
腱鞘囊肿若无明显症状，无需特殊处理，并注重休息，忌久站久走，忌手指、手腕用得太多，同时切忌重复揉搓按摩，部分腱鞘囊肿可消失，约三至四周。对于较大的腱鞘炎性囊肿可采用局部药物注射和切开引流的方法来达到治愈的目的。若腱鞘囊肿渐大，手术切除可考虑。
此外，腱鞘囊肿患者应该注意避免摩擦患处，以免加重病症，不利于腱鞘囊肿恢复。
不治疗的话是不会自行消失的，治疗的方式主要取决于腱鞘囊肿的大小。如果比较小，对于关节活动没有影响，可以进行保守治疗。如果腱鞘囊肿比较大，对关节的活动有影响就需要进行手术治疗。
如果腱鞘囊肿患者没有出现明显不适症状，可以不进行特殊的治疗。若出现不适症状或并发症时布不治疗，可能会导致病情加重。
腱鞘囊肿是一种良性的肿瘤，一般不会对人体产生任何的伤害，所以不需要特别的处理。但如果是大关节的腱鞘囊肿，会影响到关节的运动，尤其是扩张之后会压迫到神经血管，那么囊肿就需要进行特殊的治疗，将腱鞘囊肿去除，以消除压迫组织，恢复四肢的运动，缓解四肢的麻痹，改善四肢血液循环。
脚底腱鞘囊肿一般不会发生癌变，而足底这一部位的腱鞘炎和腱鞘囊肿属于一种常见的类型，一般预后都很好。
但是如果出现了长期的皮肤溃疡、坏疽或者是其他的皮肤病变，有可能发生癌变，大部分的腱鞘囊肿的预后都很好。在足底，如果出现腱鞘炎、腱鞘囊肿，会出现剧烈的疼痛、肿胀、活动受限等症状，早期的医疗措施可以很快得到改善，而且对以后的活动也没有什么影响。