普通超声胃镜检查时向胃内注水，会造成出现不同程度腹胀、腹痛的症状。此外胃镜会刺激咽喉部，可以出现不同程度的恶心症状。过度紧张、肥胖、长期吸烟的人群尤为明显，但是大部分还是能够耐受的。必要时也可以考虑无痛胃镜的检查。
超声胃镜检查是不太难受的，因为他不像普通的胃镜一样需要用管子植入体内进行检查，而是通过超声的探头通过体外就能检查。但是超声胃镜有局限性，可能会受到皮肤或者软组织的干扰，从而影响检查结果。
做超声内镜需要观察病人的位置和状况，以便知道需要多长时间，需要20到30分钟。超声内镜实际上和普通胃镜的做法是一样的，只是在前面多一个探头，看得更清晰，胃镜对胃部有点伤害，如果不是急需，最好隔一周后再做，减少对粘膜的刺激。
超声胃镜检查会有痛苦的，做超声胃镜通常状况下不是太痛苦，疼痛感是常人都可以忍受得住的，超声胃镜是先进的集超声波和内镜检查为一体的检查设备，可以仔细地查到身体不正常变化，是需要插管的。
超声胃镜和普通胃镜的区别如下：
超声胃镜前端有超声装置，而普通胃镜则没有安装，超声胃镜还可检查一些普通胃镜检查不出的病因，比如胃黏膜病变的原因，超声胃镜可以避免胃肠道的干扰。超声检查还可以观察到肉眼看不见的位置，检查范围较为广泛，一般普通胃镜是检查不出正在病变或是病变因子，但是超声胃镜则能很好的观察到这一方面的问题。
超声胃镜检查的时间一般是在15分钟到半个小时左右。个人的身体情况和病情程度不同，在检查时大夫需要的进程和检查方式可不一样，所产生的检查时间有区别。病情比较轻的病症容易确定的检查时间比较短，病情比较复杂的需要经过仔细的检查来确定病情，检查时间比较长。