可以检查脑实质，侧脑室，中线结构，鞍区，双侧乳突，双侧眼球及眼眶，以及部分鼻窦和鼻咽。磁共振在临床上的应用非常广泛。磁共振检查头部，对于头部所存在的绝大部分问题都可以查出来，磁共振对软组织的检查更具优势。
一般情况下，骨折后做核磁共振能检查骨折具体情况、并发症情况等，具体内容如下：
1.骨折具体情况：骨折后做核磁共振能较为清晰地明确骨折具体情况，有助于确定是否存在骨折的情况，有助于明确骨折的形态、移位等情况。
2.并发症情况：骨折后做核磁共振能够判断骨折处周围肌肉是否存在损伤、肌腱是否断裂、韧带是否撕裂、内脏是否有损伤等，也可以观察到血管、神经、脊髓、脑组织等软组织的情况，因此，骨折后做核磁共振有助于明确骨折后的并发症情况。
磁共振是现在医学所用的比较普及的检查项目，所以很多人会觉得核磁共振能够检查肝的功能是很少的，但实际上核磁共振作为非侵入型的项目，功能是比较强大的。可以查出肝脏的各种病灶，其中最严重的就是肿瘤，核磁共振可以观察到肝脏内部肿瘤的大小数量，转移等等。
一般情况下，小儿矮小症与小儿体内的激素水平有一定的关系。通常需要重点注意小儿的头部、垂体部、肾上腺等部位是否发生病变。有矮小症的小孩通常需要做磁共振检查，能够发现头部、垂体、肾上腺分等部位的微小病变，因为磁共振检查的分辨率比较高，能够发现微小的病变。因此，小儿矮小症有必要做核磁共振。如果小儿患有矮小症，应及时就诊，在医生的指导下进行治疗。
核磁共振在临床上被广泛应用，也是可以进行肺部检查的。核磁共振是临床上常用的一种检查方法，是一种新型的影像检查技术，而且检查结果准确，分辨率非常高，定位准确，可以全面的获取恢复的信息。
能够显示关节的形态、关节间隙，肌肉，肌腱韧带，滑膜等解剖结构，对这些结构的病理变化能够清晰的显示出来，对于关节的肿瘤，炎症和早期坏死等，肌肉和皮肤的肿瘤，炎症等疾病，多数能够做出明确诊断。