部分人对有些种类的抗生素有过敏反应，轻者会出现发热、皮疹、恶心、呕吐等过敏症状，严重可导致呼吸困难、休克甚至死亡等严重的副作用。多种抗生素都有毒副作用，过量使用可导致耳聋、白细胞减少、再生障碍性贫血、神经系统损伤等毒副作用。
服用抗生素会导致腹泻，主要是由于抗生素会杀灭正常的细菌，导致机体的消化能力受到影响，导致腹泻。抗生素是一种能够杀死细菌、衣原体、螺旋体等多种病原体的药物。
一方面，抗生素能够杀灭病原菌，达到治疗疾病的作用；另外，抗生素对人体有益菌的杀灭，会导致菌群失调。因此，抗生素的使用要有明确的适应症，不能使用抗生素。
女性在使用抗生素后两个月才能开始备孕。
女性使用抗生素来治疗疾病时不能怀孕，抗生素类药物会对胎儿产生不利影响。但是女性在停用抗生素后不能立即进行备孕，由于药物残留可能会对胎儿的生长发育产生不利影响，最好在停药后两个月，女性开始备孕最佳。女性在备孕期间注意多补充营养，记得服用叶酸，避免胎儿出现神经管畸形的情况，可以适当地运动。
之所以吃抗生素不能喝酒，是因为会导致肝脏受损。
抗生素和乙醇都是经过肝脏的排泄的，如果同时使用，会加重肝脏的负荷，从而导致肝损伤。常见的头孢类，甲基氮唑类的药物还会和乙醇产生一种特别的反应——双硫仑作用，会影响人体的正常新陈代谢，出现不良症状，甚至致命。而且酒精与药物相互作用，会使药品的疗效下降，使其失效，或加重其毒性。为了保险起见，在服药期间禁止喝酒。
一般情况下，应用抗生素是不会造成月经推迟的，但是如果炎症比较严重，也会干扰内分泌，从而出现月经推迟的情况。
这种情况一般并不是药物的不良反应，而是因为炎症影响内分泌的缘故。另外如果患者有正常的性生活性生活而且没有避孕，如果出现月经延期，首先也要尿检，排除是否和怀孕有关系。排除怀孕后建议耐心等待，也可以应用黄体酮促进月经来潮即可。
孕妇可以吃的抗生素如下。
孕妇在怀孕期间如果患有疾病，可以通过服用抗生素进行缓解，部分抗生素是不会影响胎儿的正常发育的，比如头孢类药物或是青霉素药物。孕妇不可自行用药，如果用药不当是有可能会导致胎儿发育畸形或是流产的，最好在医生指导下正确服用药物进行治疗。
建议孕妇在孕期间多注意休息，注意保暖，避免感冒，可以多吃一些新鲜的蔬菜和水果，及时补充怀孕时所缺的维生素。