输液后要记得多饮水，应该多饮用温清水1000ml左右，可以减少对肾脏的负担，和避免出血性膀胱炎的发生。如果输液环磷酰胺后会出现恶心、呕吐，应该避免服用对胃肠道有刺激性的药物。
环磷酰胺主要的副作用是骨髓抑制，包括会出现恶心、呕吐，也有可能会出现出血性的膀胱炎，产生水中毒，也包括生殖系统的毒性，也会发生继发性的肿瘤、脱发、消化道反应、口腔炎等。所以，不要盲目的自行用药。
环磷酰胺对肾病综合征的作用主要是抑制免疫炎症的反应，降低尿蛋白，稳定肾功能，延缓肾功能的纤维化以及肾功能衰竭，防止进入到尿毒症期。环磷酰胺主要适用于激素依赖型，或者激素无效型的肾病综合征患者，主要是协同激素治疗。
妊娠期间使用各种剂量的环磷酰胺对人和各种试验动物均有明显致畸作用Ⅲ级，妊娠期禁用该药。妊娠早期用药会导致脑、颜面结构、肢体、内脏器官的广泛畸形，中晚期用药则可引起胎儿生长受限、造血抑制和神经系统发育受损。妊娠前用药不增加胎儿畸形和流产发生率，停药3个月后可妊娠。
环磷酰胺的毒副作用与剂量相关。常见较轻的副作用有脱发、恶心和呕吐，但其引起的骨髓抑制、膀胱毒性、性腺毒性和致癌危险则较为严重。此外，环磷酰胺还有肝功能损害、出血性膀胱炎的副作用。因此，应用环磷酰胺过程中要密切监测血常规，肝功能，尿常规。
具有治疗各种自身免疫疾病的作用，膜性肾病的发病机制仅仅是由自身免疫损伤引起的，这是有针对性的治疗。环磷酰胺是一种免疫抑制剂，抑制细胞增殖，非特异性杀死抗原敏感性低的淋巴细胞，限制它们转化为免疫母细胞。