可以炒食、煎汤、直接生吃或者研末食用，南瓜子生吃营养最好。生南瓜子作为大众健康食品不仅保证了南瓜子的原汁原味，而且使南瓜子的营养价值不易流失，生吃南瓜子人体更容易吸收其磷质，可以有效防止矿物质在人的尿道系统凝结达到预防肾结石的目的。
南瓜子虽然看似不起眼却有着很高的营养价值，南瓜子中含有丰富的脂肪油、蛋白质、胡萝卜素、维生素B1、B2、C及南瓜子氨酸等多种营养成分。南瓜子除了含锌之外同时还含有活性生物触媒剂。
南瓜子有很好的杀灭人体寄生虫的作用，每天吃上50克左右的南瓜子，可以有效的预防前列腺方面的疾病，吃南瓜子可以杀死体内的寄生虫。南瓜子炒熟了之后吃，可以当做日常的零食，南瓜子里面还有维生素c，可以防止亚硝酸盐在消化道中转成致癌的物质亚硝胺，也可以预防食管癌以及胃癌，晒干的南瓜子是一位良药，能够缓解静止心绞痛。不管生吃或者是熟吃都可以。
吃南瓜子好的方法是用手剥着吃，不要用牙嗑，如果用牙嗑，大量唾液会粘在瓜子皮上而丢失。唾液除了具有湿润与溶解食物，使之易于吞咽，以及清洁和保护口腔的作用外，还有滋养肾精之功。牙龈萎缩，常吃南瓜子可以改变。
南瓜子20g去壳取仁，捣烂成泥，加白糖适量搅拌，早、晚空腹用温开水冲服。南瓜子中含有大量磷质，人们常吃南瓜子，吸收其磷质，就可防止矿物质在人的尿道系统凝结，使之随尿排出体外，达到预防肾结石的目的。
南瓜子食用简单，生吃或是放在锅里炒熟后再食用均可。吃南瓜子具有预防肾结石的功效。肾结石主要是因为钙起，而南瓜子中含有大量磷质，如果人们常吃南瓜子，吸收其磷质，就可防止矿物质在人的尿道系统凝结，使之随尿排出体外，达到预防肾结石的目的。
