打干扰素的副作用比较多，最常见的有对骨髓系统的抑制可以出现白细胞、血小板下降；有可能会造成免疫系统紊乱，比如诱发自身免疫性肝炎、甲状腺疾病等；会干扰血糖，对于本身有血糖代谢异常或者糖尿病患者，干扰素有可能会导致血糖紊乱；有可能会诱发精神因素，干扰素有可能会导致患者出现抑郁症或者焦虑症等精神问题；干扰素有可能会导致心脏传导系统出现问题，比如最常见的就是出现病态窦房结综合征。
乙肝干扰素通常需要打一年左右，但具体注射时间需要根据具体病情来判断。
乙肝打干扰素的疗程通常要看具体的情况。在注射干扰素的过程中，如果病毒的浓度降低的比较好，表面抗原的含量降低的比较好，一般打一年左右即可。如果一年之后，表面抗原的含量还在不断的降低，那么可以通过延长疗程来促使乙肝表面抗原的转阴，可以延长至72周-96周。但如果使用干扰素不起作用，可以在3个月后停止使用，可以服用核苷类的药物。
乙肝干扰素需要打一年左右，乙肝干扰素的治疗疗程，需要结合实际情况来进行分析。如果打到一年的时候，表面抗原的水平依然在持续下降，这个时候可以适当的延长疗程，来追求乙肝表面抗原的转阴，可以延长到96周，或者是72周。
乙肝打干扰素转阴概率是百分之五十，一般是长效干扰素。即在治疗过程中，一般是6个月，表面抗原低于1500IU/ml，这部分病人最终实现临床治愈的比例要明显升高，也就是乙肝能阴转。
一些病毒感染性疾病需要应用干扰素进行治疗的，像尖锐湿疣的一些感染。疱疹病毒感染。带状疱疹等都可以应用药物进行治疗。同时还伴有病毒复制比较高的丙肝患者可以给与干扰素注射的。
乙肝打干扰素反弹率会达到百分之五十。因为乙肝主要是由乙肝病毒引起的，会通过血液、母婴、性传播等，病人体内存在乙肝病毒，病毒复制活跃，对肝功能造成一定的损伤。目前治疗方法主要是抗病毒治疗，干扰素治疗乙肝效果明显复发率低，具有抗病毒和增强免疫力的功能。