自然周期移植有优点也有缺点。自然周期移植是指在进行试管婴儿的时候，不使用药物来促使女性的卵泡发育和排卵，等正常的月经周期排卵的发生，在去卵子进行受精培养。
自然周期移植的好处是让自身的调节力参与进来，因为有自身激素的调节，所以用药量少，副作用就会少，但是移植条件比较来说就会相当苛刻。如果月经规律可以正常排卵，内膜厚度适中，体温明显双向，排卵试纸测到强阳，那么就可以试试自然周期移植。
如果女性平时月经周期比较规律，那么进行胚胎移植当然是自然周期要比人工周期好。自然周期会相对安全一些，同时也不会对人体产生不利的影响。人工周期是需要用药调节的。在做胚胎移植以前，患者要解除一切心理压力，而且要保持愉快的心情，保证良好的睡眠。移植以后一定要注意休息，避免重体力劳动，而且要定期到去做检查。
移植冻胚人工周期好还是自然周期好，要看病人子宫内膜的情况。促排周期中，由于某些因素，如内膜厚度不好或者卵巢过度刺激等原因造成取卵的周期不适合进行移植，医生会需要先将胚胎冷冻，待身体条件允许后再来解冻移植冻胚。
做试管婴儿的自然周期是指自己排卵长内膜等卵子排掉之后移植，人工周期就是靠吃药长内膜等内膜长够了移植。一般是自然周期好，获得的卵子自然发育成熟，子宫内膜环境也比较好，这样更有利于胚胎种植发育。
准备冻胚复苏移植。在复苏冷冻胚胎前，先要调整内膜厚度到合适。自然周期准备内膜适用于有月经周期规律、排卵后第3天复苏第三天的冷冻胚胎后进行移植，排卵后第5天复苏第5天囊胚进行移植。