这两种药是截然不同的两种药物，尽管都有止痛作用，都可以通过皮肤吸收发挥作用，但是止痛原理不同，扶他林起主要治疗作用的是双氯芬酸钠，属于非甾体类消炎止痛药，是前列腺素合成抑制剂，通过抑制前列腺素合成达到抗炎、镇痛作用，属于西药，云南白药是典型的中成药，由于成分国家保密，具体成分不明，但是可以肯定的是几种或者数种中草药的复合体，具有活血止血、化瘀消肿止痛的作用，中药的止痛作用是综合作用的结果。
云南白药与扶他林最大的区别在于成份不同，具体内容如下：
扶他林是一种西药，其主要成份为双氯芬酸钠，是一种非甾体类消炎药，常用的药物有扶他林口服片、扶他林软膏等，具有治疗腰腿疼痛、腰部肌肉劳损、关节炎等症状。云南白药是一种中成药物，能够治疗局部腰肌劳损、关节炎、跌打损伤的等病症，具有活血化瘀、消肿止痛的作用。
扶他林一般指的是双氯芬酸二乙胺乳胶剂。通常情况下，双氯芬酸二乙胺乳胶剂和云南白药建议不要一起用。具体情况分析如下：
双氯芬酸二乙胺乳胶剂属于NSAIDs类药物，云南白药是属于中成药，两种药都可以起到消炎去痛的作用，如果涂抹过双氯芬酸二乙胺乳胶剂以后再在同一个部位使用云南白药，可能会引起药物的交叉反应，更容易引起皮肤过敏，因此双氯芬酸二乙胺乳胶剂和云南白药建议不要一起用。
如果是扭伤的话，建议可以先用红瓶。云南白药气雾剂具有活血散瘀，消肿止痛的功效。用于跌打损伤，瘀血肿痛，肌肉酸痛及风湿疼痛的治疗。红瓶是在刚扭伤时用来喷的，它是用于皮下止血的，白瓶是止血以后再喷的，用于消肿散血化瘀的。使用气雾剂后，不建议再次使用保险溶液。因为保险液的止血和冻结作用会阻碍局部充血的吸收和消散，影响治疗效果。
孕妇禁用云南白药喷雾的原因如下：
云南白药气雾剂主要应用在治疗风湿、跌打损伤、瘀血肿痛、肌肉酸痛、风湿痛等方面。因为云南白药的活性和活血化淤的功效，在孕期不宜使用。云南白药气雾剂的主要成份是三七，味苦，性温，入血止血，活血止痛，被誉为金疮病、疮疡的圣药，配以重楼，清热解毒，消肿止痛，还能帮助君药活血止疼，三七苦温燥伤正。两者结合，具有活血化瘀、消肿止疼的作用。
扶他林和云南白药本身就不是同一类药物，所以说是没有可比性的。扶他林属于非甾体类抗炎药物，主要是对抗无菌性的炎症和缓解疼痛的作用，主要是应用于肌肉劳损，筋膜炎，关节退变，狭窄性腱鞘炎疼痛的治疗。而云南白药是活血化瘀药物，起到活血通络，通痹止痛作用，是促进瘀血，肿胀的吸收和消退的药物，主要是应用于跌打损伤。