全身麻醉的副作用主要是抑制呼吸中枢，导致呼吸频率减慢，潮气量减少，分钟通气量减少，甚至呼吸停止。会抑制心肌收缩力，导致心率减慢，扩张外周血管，引起血压下降，严重的话可导致心肌缺血、脑缺血，引起心律失常、心肌梗死、脑梗死等。可抑制胃肠蠕动，导致胃肠胀气，术中或术后可有恶心呕吐以及便秘。
腹腔镜下的手术是要进行全麻的。
腹腔镜手术分为1级、2级、3级、4级等四个等级，越是高级的手术，风险、难度、范围就会越来越大。最基础的I型手术也是要全麻的，在术中要用CO2进行充气，还要用电凝钳、电刀等电刀，因为患者不能忍受疼痛，必须要打麻药，而且全麻可以确保术中的安全性。因此，在做腹腔镜手术的时候，必须要全麻。
小孩全身麻醉会引起精神状态异常，如冷漠、易怒、失眠、嗜睡等。
全身麻醉药物主要是意识通过呼吸道或脉冲瞬态消失的一种麻醉方法。如果体质较差或麻醉时间过长，就会对儿童造成一定的影响，如全身麻醉药物、镇静麻醉药物、肌肉松弛药物和镇痛药物。其中镇静剂和麻醉药可引起儿童醒后精神状态异常，如冷漠、易怒、失眠、嗜睡等；肌肉松弛剂和一些长效止痛剂会使孩子醒来后感到虚弱。
建议在小儿全身麻醉后定期到儿科门诊进行检查，做脑功能评估。平时注意休息，多喝水，适当运动，注意保暖等。
全麻的副作用有反流与误吸，呼吸道梗阻，通气量不足，低氧血症，低血压，高血压，心律失常，高热、抽搐和惊厥等。如果术中出现的副作用，应及时采取相应措施来减少副作用的产生。
出现可逆性意识和痛觉暂时消失的状态。所以单纯的全身麻醉本身是不能对患儿产生危害的，但用于全麻的麻醉药是有一定副作用的，有些患儿在术后恢复期可出现反应迟钝、表情淡漠，这是因为术后恢复期的患儿血液中仍残留一定量的麻醉剂。
