巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
早期巧克力囊肿主要症状有性交疼痛，白带增多、色黄或是有异味有的时候也可出现白带夹有血丝的情况，其次有痛经的情况，80%的早期巧克力囊肿会有痛经的表现，医院妇科检查明确。
巧克力囊肿癌变的症状是下腹不适感，为病人未触及下腹肿块前的最初症状。由于肿瘤本身的重量以及受肠蠕动及体位变动的影响，使肿瘤在盆腔内移动牵扯其蒂及骨盆漏斗韧带，以致病人有下腹或骼窝部充胀、下坠感。
性变疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有避孕也不会怀孕：在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
对于巧克力囊肿，是需要考虑手术，而不是自己的愿望，不是不想手术，就可以避免的，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。