长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
肛瘘的主要临床治疗是手术。可以采用挂线疗法或瘘管切开术和瘘管切除术。术后应注意保持排便通畅，防止便秘。应该吃新鲜蔬菜和水果，而不是太辣太油腻的食物，并且需要更多的锻炼来提高身体的免疫力。
做了肛瘘术后一定要注意及时清洁，防止分泌物长时间刺激肛周皮肤引起感染，避免肛瘘复发。饮食方面最主要的应该保持清淡，多吃蔬菜水果，多喝水，保持大便通畅，大便以后可以使用溶液清洗。参加多种体育活动能够增强机体的抗病能力，减少疾病发生的可能。
早期术后建议以少量的饮食为主，大量饮食或者大便干燥时，都有可能刺激局部伤口而形成刺痛。每天换药前一定要对局部伤口进行清洗，保证局部伤口的干净，可以选择中药洗液、淡盐水进行局部的外洗，预防粪便的残留。
应保持肛门部清洁，久坐后应间断站起来走走，要保持大便通畅。平时饮食要清淡，不要吃一些辛辣刺激的食物，不要酗酒，熬夜和抽烟。避免粗糙干硬的粪便对伤口的刺激，减轻疼痛可多食一些高蛋白、富有营养的食物，如吃一些紫菜、海带等。