症状会出现，肛门直肠的疼痛以及发热，直肠周围可以触及肿块伴有压痛和波动感，类似于揉动装水的气球，约半数的肛门脓肿会发展为慢性的肛瘘，就是肛管直肠与肛门皮肤相通的感染性管道。
肛周脓肿的主要症状是肛门疼痛。这种疼痛是持续性的，与大便无关，疼痛剧烈坐卧不安，食欲不振，发现肛门周围有肿块，或伴有排便困难等症状肛周脓肿一旦发生，只能手术可以治疗。
肛门周围持续性痛，行走不便，坐卧不安全。肛门周围的旁边有红肿，瘙痒，有硬结。应去当地正规医院做个检查，然后在遵医嘱对症进行治疗。生活中注意休息和保暖，不忌生冷辛辣食物。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。