定时排便：要养成定时排便的好习惯，防止大便干结，损伤肛管皮肤，造成感染。要保持肛门清洁：养成便后洗净局部或每日早晚清洗肛门的习惯，保持肛门清洁。不吃上火刺激的食物来进行预防。
肛瘘的发生，绝大多数来源于肛门周围脓肿，不洁饮食，可导致腹泻，极易造成肛门腺感染，引起肛瘘，要养成定时排便的好习惯，防止大便干结，损伤肛管皮肤，造成感染。关键要做好肛门护理，就是坐姿时让肛门悬空透气，便后用水清洗干净肛周，熏蒸坐浴保证足够时间。
平时饮食不能吃辛辣刺激性的食物，多喝水，多吃新鲜蔬菜水果，粗纤维的食物，避免大便干燥。就不会造成痔疮或者肛裂的情况，避免造成干扰，所以想要避免除了饮食和用药之外，生活习惯也特别重要。
平时应养成良好的按时排大便的习惯，防止便秘，在每天早晨起床后立即大便。大便干燥时，可在每日清晨饮一杯淡盐水，忌食辛辣刺激性食物。到公立医院治疗肛瘘，调节饮食，吃些清淡易消化的，蔬菜水果，尽量不抽烟喝酒咖啡辛辣刺激食品，另外不要长久站立。不利于血液循环。
预防肛瘘的办法有很多，比如第一，肛门灼热不适，肛门下坠者要及时的查清原因，及时的治疗。第二，及时的治疗肛窦炎、肛乳头炎，以免发生肛管直肠周围的脓肿及其肛瘘。第三，要养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴，保持肛门的清洁，对预防感染有积极的作用。