一般治疗的时间和严重程度有关的，有的可能在一周到半个月左右的不等，需要定期到医院复查，平时一定要注意个人卫生避免感染，肛瘘的主要原因是肛周脓肿，直肠肛门损伤，肛门裂反复感染等因素导致的。
如果是做手术，需要几十分钟的时间，肛瘘手术多长时间才能够恢复，要因病情而异、因人而异，比如体质好的人，可能一个肛瘘十几天就长好了，体质差的人可能得长20多天，30多天；好比说血糖高的，可能要长到两个月才能长好。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘通过手术医治效果会比较好的，一般需要一周左右的恢复时间，平时要注意休息好，生活习惯上要注意早睡早起、有良好的睡眠质量，避免过度劳累，卫生习惯上要注意保持肛门的清洁好干燥，多用清水清洗。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。