对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿就是肛周形成了脓肿。脓肿主要的治疗方式是切开引流，肛周脓肿也是如此，需要进行手术切开引流治疗。肛周脓肿一旦形成使用药物治疗效果不明显，要进行手术治疗。术后还应该每天坚持换药，有利于恢复。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
肛周脓肿的类型及症状坐骨直肠窝脓肿：病患有周身不适、发热寒战、体温升高等全身中毒症状。局部见肛门一侧肿胀、发红、灼痛、跳痛、压痛、坐卧不安，活动和排便时痛加重，有排尿困难等。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。
进行抗感染治疗。治疗的前提是医生评估局部脓肿是初期。如果脓肿形成范围比较大，这时候就需要切开排脓，否则病情会进一步加重，甚至脓液中细菌毒素被吸收，会引起脓毒血症，引起小孩高烧、畏寒、发冷、发抖，可能有生命危险。如果小孩肛周脓肿后期，脓肿破溃有脓流出，脓肿可能慢慢消退，后期还有可能形成肛瘘，可能会再次形成脓肿，或者早期形成脓肿之后，后期身体免疫力差，脓肿会再次发作。
