肛瘘发病初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
肛瘘初期的症状特征有流脓，周期性发作，时有时无，脓液较少。肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肿块可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。瘙痒脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。
肛瘘是肛门直肠周围常见的慢性感染性疾病，肛瘘由位于皮肤的外口，与直肠相连的内口，以及连接于内外口之间的瘘管组成。肛瘘通常继发于肛周脓肿切开引流手术后，或者肛周脓肿自行破溃之后。肛瘘初期是在肛门外口附近的皮肤，逐渐形成和出现一个或者多个迁延不愈的瘘口，反复排出含有致肠内容物的分泌物，一旦瘘口堵塞，可以再次发生肛周脓肿。
典型症状：反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。