手术治疗，切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，但不能代替治疗，一般约需3个月左右，待瘘管形成，内口明确，再行治疗。平时保持肛门周围清洁，可用消炎药温水坐浴。每次排便后用温水清洗肛门并烘干。尽量少坐多站，避免便秘，排便要有规律。
肛周脓肿是由复杂的原因引起的，直肠周围的钢管或软组织以及周围空间的细菌感染。还应该注意个人卫生。目前，注意个人卫生，少吃刺激性食物。还要养成一个良好的排便习惯。
患上肛周脓肿时，在多数情况下，脓液会破坏健康的皮肤组织，病变的地方也会慢慢扩大。假如破坏直肠粘膜，脓液就会进入肛管内部，也有可能按原路返回肛管，这就是从肛门小窝排脓，但多数情况都是向皮肤破溃，这就是所谓的自然排脓。
肛周脓肿肛瘘并没有想象中的可怕，也不是特别严重，更不是什么不治之症，只要病人在发现病情的时候及时去医院看医生，接受正规的治疗，病情是完全可以恢复的，不要太过担心和害怕。
肛瘘严重。肛周脓肿如果没有得到有效的控制就会变成肛瘘。如果肛周脓肿的脓包不大，皮肤能代谢下去，就不会发展成肛瘘。如果肛周脓肿包很大，而且出脓头，破脓了，就会形成肛瘘，肛瘘只有开刀了。